| 脳血管疾患等リハ |
- 急性発症した脳血管疾患等又はその手術後の患者：脳梗塞、脳出血、くも膜下出血、脳外傷、脳炎、急性脳症（低酸素脳症等）、髄膜炎のもの。
- 急性発症した中枢神経疾患又はその手術後の患者：脳膿瘍、脊髄損傷、脊髄腫瘍、脳腫瘍摘出術などの開頭術後、 てんかん重積発作等のもの。
- 神経疾患：多発性神経炎（ギラン･バレー症候群等）、多発性硬化症、神経筋疾患、末梢神経炎（顔面神経麻痺等）。
- 慢性の神経筋疾患等：パーキンソン病、脊髄小脳変性症、運動ニューロン疾患（筋萎縮性側索硬化症）、 遺伝性運動感覚ニューロパチー、末梢神経障害皮膚筋炎、多発性筋炎。
- 失語症、失認及び失行症、高次脳機能障害。
- 難聴や人工内耳埋込手術等に伴う聴覚・言語機能の障害を有する患者：喉頭摘出術後の言語障害、聴覚障害、言語聴覚障害、 構音障害、言語障害を伴う発達障害等のもの。
- リハビリテーションを要する状態であって、一定程度以上の基本動作能力、応用動作能力、言語聴覚能力の低下及び日常生活能力の低下を来たしている患者：外科手術または肺炎等の治療時の安静による廃用症候群、脳性麻痺等に伴う先天性の発達障害等の患者[治療開始時のFIM 115点以下、Barthel Index(BI) 85点以下の状態などのもの。]
- 急性憎悪：脳血管疾患等リハビリテーション料の対象となる疾患の憎悪等により、 1週間以内にFIM得点又はBIが10以上低下するような状態等。
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| 運動器リハ |
- 急性発症した運動器疾患又はその手術後の患者：上・下肢の複合損傷（骨、筋・腱・靭帯、神経、血管のうち3種類以上の複合損傷）、脊椎損傷による四肢麻痺（1肢以上）、体幹・上・下肢の外傷・骨折、切断・ 離断（義肢）、運動器の悪性腫瘍のもの。
- 慢性の運動器疾患により、一定以上の運動機能の低下及び日常生活能力の低下を来たしている患者：関節の変性疾患、 関節の炎症性疾患、熱傷瘢痕による関節拘縮、運動器不安定症等。
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| 呼吸器リハ |
- 急性発症した呼吸器疾患の患者：肺炎、無気肺等のもの。
- 呼吸器疾患又はその手術後の患者：胸部外傷、肺梗塞、肺移植手術、慢性閉塞性肺疾患（COPD）に対するLVRS （Lung volume reduction surgery）、肺癌、食道癌、胃癌、肝臓癌、咽・喉頭癌の手術等のもの。
- 慢性に経過する呼吸器疾患により、一定程度以上の重症の呼吸困難や日常生活能力の低下を来たしている患者：慢性閉塞性肺疾患（COPD）、気管支喘息、気管支拡張症、間質性肺炎、塵肺、びまん性汎気管支炎（DPB）、神経筋疾患で呼吸不全を伴う患者、気管切開下の患者、人工呼吸管理下の患者、肺結核後遺症等
[Medical Research Council Scale で2以上の呼吸困難を有する状態、または慢性閉塞性肺疾患（COPD）で日本呼吸器学会の重症度分類の以上の状態、または呼吸障害による歩行機能低下や日常生活活動度の低下により日常生活に支障を来す状態に該当するもの。 ]
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| 難病患者リハ |
- ベーチェット病、多発性硬化症、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス、スモン、筋萎縮性側索硬化症、強皮症、皮膚筋炎および多発性筋炎、結節性動脈硬化症、ビュルガー病、脊髄小脳変性症、悪性関節リウマチ、パーキンソン病関連疾患（進行性核上性麻痺、大脳皮質基底核変性症、パーキンソン病）、アミロイドーシス、後縦靭帯骨化症、ハンチントン病、もやもや病（ウイリス動脈輪閉塞症）、ウェゲナー肉芽腫症、多系統萎縮症（線条体黒質変性症、オリーブ橋小脳萎縮症、シャイ・ドレーガー症候群）、広範脊柱管狭窄症、特発性大腿骨頭壊死症、混合性結合組織病、プリオン病、ギラン･バレー症候群、黄色靭帯骨化症、シェーグレン症候群、成人発症スチル病、関節リウマチ、亜急性硬化性全脳炎。
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